手持式X荧光光谱仪在用于现场测量时，总会有一些因素会造成误差，影响测量的效果，但这些因素其实可以避免，下面我们来谈谈怎样正确使用手持式X荧光光谱仪，避免现场测量误差。
在现场测量中，岩石表面凹凸不平，岩石的结构也不同，不均匀，手持式X荧光光谱仪的探头放置在上面时，同位素源于岩矿表面距离往往不能与标准测量时完全相同。这种距离的变化只要毫米数量级就会引起较大的误差，特别在测量轻元素，中等元素时（如P,S,Ti,Cu,Fe,Zn,Cr,Mo等），因此，进行现场测量时要选择岩石露头比较平坦的新鲜表面，对于极不平坦的岩石露头，应该人工加以整平，力求做到与标准测量条件相同。
在测量方法上，手持式X荧光光谱仪应在原来位置多次重新安放探头，并相应测出数据，取其平均值，可以达到与制作标准曲线时的测量条件基本一致。因为这种因岩石表面不平整产生的误差属于偶然误差范畴，只要有足够多次的变位测量，其偶然误差的平均值将趋于零。